======== I R A =========

8. GetIP (D1-1)

pada kali ini saya akan membahasabagaimana kita membuat sebuah script untuk mencari ip yang sedang kita pergunakan . untuk pertama kali ketikkan coding sepeerti pada gamabar utama . kemudian lakukan compile pada java seperti biasa : keterangan coding : InetAddress host = null; host = InetAddress.getLocalHost(); byte ip[] = host.getAddress(); for (int i=0; i { if (i>0) { System.out.print ("."); } System.out.print (ip[i] & 0xff); } System.out.println (); } } pada bagian tersebut menerangkan bahwa host dari inet address awal berupa null yang kemudian akan diberikan ip yang berupa byte . kemudian dengan menggunakan looping untuk mendapatkan ip serta ketika sudah mendapatkan akan ditampilkan ipnya namun jika tidak hanya akan menampilkan . saja , hal ini disebabkan perintah if . tampilan output

7. getName( D1-2)

Sama seperti postingan saya yang pertama pada kali ini saya menggunakan java untuk mengetahui nama hostname . pada script kali hal yang utama terdapat pada bagian InetAddress host = null; host = InetAddress.getLocalHost(); System.out.println("nama komputer anda: "+ host.getHostName()); pada bagian tersebut terlihat bahwa untuk mendapatkan hostname kita menggunakan perintah inetadress.getlocalhost . yang dimana setelah mendapatkanIp saya berikan kepada variabel host. kemudian setelah mendapatkannya kita tampilkan namun dengan menggunakan gethostname maka yang ditampilkan adalah host namenya saja untuk tampilannnya

6. IpToName pada bagian ini merupakan salah satu script yang digunakan untuk mencari ama host komputer namun menggunakan ip komputer tersbut untuk ip to namemengetahui scripnya dapat dilihat dibawah in

kemudian untuk penjelasan coding System.out.println ("Pemakaian : java IPtoName "); System.exit (0); } String host = args[0]; InetAddress address = null; try { address = InetAddress.getByName(host); } catch (UnknownHostException e) { System.out.println("invalid IP - malformed IP"); System.exit(0); } System.out.println(address.getHostName()); dapat kita liat pada kumpulan coding diatas pertama kali kita memanggil inetaddressnya terlebih dahulu . kemudian akan dideklarasikan ke dalam variabel address . kemudian dilempar ke catch ketika terdapat kesalahan maka yang akan ditampilkan adalah invalid ip... dan maka system akan keluar(dalam hal ini command prompt) kemudian jika tidak terdapat kesalahan maka akan menampilkkan hostname dari ip yang kita cari output

5. NsLookUp(D1-4) seperti halnya coding sebelumnya coding kali ini diguanakan untuk mencari sebuah ip namun dengan menggunakan hostname untuk coding bisa dilihat gambar dibawah ini

kemudian pada coding diatas dapat kita liat if (args.length == 0) { System.out.println("Pemakaian: java NSLookup "); System.exit(0); } String host = args[0]; InetAddress address = null; pada bagian ini hanya akan menampilkan pemakaian untuk menampilkan saja kemudiana akan mencari inet addreess yang dimana dimulai dengan null try { address = InetAddress.getByName(host); } catch (UnknownHostException e) { System.out.println("Unknown host"); System.exit(0); } byte[] ip = address.getAddress(); for (int i=0; i0) System.out.print("."); } System.out.println(); } ketika i lebih besar dari 0 makaprogram akan mencetak ... namun jika tidak maka akan kosong saja . hasil output

4. Simpleservr(D1-5) pada bagian ini serta bagian yang akan saya posting akan mengalami keterkaitan . dalam pengerajann ini kita harusnya memiliki sambungan lan dengan komputer satu lagi . untuk saat ini saya akan mebahasa pada server terlebih dahulu

seperti yang dapat kita ketahui bersama pada bagian ini kita harus menunggu reaksi pula pada bagian client hal ini dapt kita liat pada bagian ini String line; BufferedReader is = null; DataOutputStream os = null; Socket clientSocket = null; try { checkServer = new ServerSocket(TESTPORT); System.out.println("Aplikasi Server hidup ..."); } catch (IOException e) { System.out.println(e); kemudain dapat diliat telebih dahulu bagian server dulu lah yang harus diaktifkan baru kemudian pada bagian server . kemudain pada bagian ini dilakukan pengecekaan server yang dimana akan dianggap server socket batu . jika sudah aktif maka akan menghasilkan tulisan aplikasi hidup . kemudian try { clientSocket = checkServer.accept(); is = new BufferedReader(new InputStreamReader (clientSocket.getInputStream())); os = new DataOutputStream(clientSocket.getOutputStream()); } catch (Exception ei) { ei.printStackTrace(); } try { line = is.readLine(); System.out.println("Terima : " + line); if (line.compareTo("Salam")==0) { os.writeBytes("Salam Juga"); } else { os.writeBytes("Maaf, saya tidak mengerti"); } } catch (IOException e) { System.out.println(e); } try { os.close(); is.close(); clientSocket.close(); } catch (IOException ic) { ic.printStackTrace(); } } } pada bagian ini fugsinya diguanakann untuk menghidupkan aplikasi server agar bisa melakukan komunikasi dengan kemudian ketiaka semua telah selesai tentunya semua koneksi itu ditutuup untuk putput dapat diilha gamabr dibawah ini hasil :

3. Simpleclient(D1-6) SimpleClient(D1-6) seperti penulis terangkan sebelumnya pada bagian ini merupakan program ang dijalan kan d komputetr client maka untuk codingnya :

pada bagian diatas bagian utama menurut penulis adalah cl = new Socket ((args[0]), REMOTE_PORT); is = new BufferedReader (new InputStreamReader (cl.getInputStream())); os = new DataOutputStream (cl.getOutputStream()); } catch (UnknownHostException e1) { System.out.println ("Unknows Host: " + e1); } catch (IOException e2) { System.out.println ("Erorr io: " + e2); } try { System.out.println ("Masukkan kata kunci: "); userInput = stdin.readLine (); os.writeBytes(userInput + "\n"); } catch (IOException ex) { System.out.println ("Erorr writing to server.." + ex); } pada bagian diatas merupakan salah satu script yang digunakann untuk membuka koneksi . ketika telah dibuka maka program akan meminta masukkan kata kunci dan ketika kunci yang dimasukkan benar maaka akan menampilkan yang dimana akan dianggap sebagai userinput oleh program .. kemudian jika salah maka akan error . kmudian ketika pertama kali tidak melakukan koneksi ke dalam server aplikasi akan menampilkan tulisan unknown host seperti yanh tertera dibatas . untuk output :

2. SMTP(D1-7) pada bagian ini penulis memebuat sebuah script yang digunakan untuk mengirimkan email melalui smtp . untuk coding bisa diliat dibawah

pada kali ini dapat diliat dari coding diatas semua bermula ketika if (smtpSocket!=null && os!=null && is!=null) ketika hal tersbut dipenuhi maka semua koding yang berada pada try dibawahnya //mengirim dan mencetak pesan System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("HELO\r\n"); System.out.print("HELO\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("MAIL From:any@mail\r\n"); System.out.print("MAIL From:any@maill\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("RCPT To:kusnadi@mail.uajy.ac.id\r\n"); System.out.print("RCPT To: kusnadi@mail.uajy.ac.id\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("DATA\r\n"); System.out.print("DATA\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Subject: testing\r\n"); System.out.print("FROM: any@mail\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Subject: testing\r\n"); System.out.print("Subject: testing\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Hi, ini percobaan kirim email.\r\n"); System.out.print("Hi, ini percobaan kirim email.\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("\r\n.\r\n"); System.out.print(".\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("QUIT\r\n"); System.out.print("QUIT\n"); System.out.println(is.readLine()); yang dimana fugsin fungsi diatas diguanakn untuk mengirimkan pesan melalui smtp ini . kemudian akan dikirim melalui email yang telah ditentukan seelumnya . hal ini bisa kita lihat pada smtpSocket= new Socket("mail.uajy.ac.id",25); kemudian ketika semua telah selesai maka semua koneksi ditutup seperti script sebelumnya

1. DATA pada kali ini penulis langsng membuat 3 script langsung dimana selalu dimulai dengan pembagian class di staff seperti gambar dibawah ini

this.nama=nama; this.divisi=divisi; this.umur=umur; } public void print() { System.out.println("data staff: "); System.out.println("nama : "+ nama); System.out.println("diovi: " + divisi); System.out.println("umur : "+ umur); } pada script ini hanya digunakann untuk menampilkan data2 yang telah dimasukkan ke dalam script sebelumnya . client.java pad abgian ini lah yang membuat script ini akan berjalan pada bagian ini bisa dilihat try { Socket socketClient= new Socket("10.10.10.1", SRV_PORT); os = new ObjectOutputStream (socketClient.getOutputStream()); Staff pegawai = new Staff("hendry","IT",30); os.writeObject(pegawai); System.out.println("Client mengirim data pegawai:"); pegawai.print(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } pertama kali penulis menuliskan ip dari server . kemudian penulis memsaukkan nama staff baru yang dimaan akan menuliskan ke dalam variabel pegawai. kemudian dari client ini akna dikirimkan ke pada server uyang dimana kan dicetak pada server server .java server ServerSocket soketServer= new ServerSocket(SRV_PORT); Socket soketClient=soketServer.accept(); is= new ObjectInputStream(soketClient.getInputStream()); Staff pegawai= (Staff) is.readObject(); System.out.println("server menerima data pegawai"); pegawai.print(); } } pada bagian ini server akan mebuat class baru yang diberi nama is kemudian pegawai akan di delarasikan sebagai staff. ketika sudah terbaca maka script akan menammpilkan nya . output :

1. DATA pada kali ini penulis langsng membuat 3 script langsung dimana selalu dimulai dengan pembagian class di staff seperti gambar dibawah ini

this.nama=nama; this.divisi=divisi; this.umur=umur; } public void print() { System.out.println("data staff: "); System.out.println("nama : "+ nama); System.out.println("diovi: " + divisi); System.out.println("umur : "+ umur); } pada script ini hanya digunakann untuk menampilkan data2 yang telah dimasukkan ke dalam script sebelumnya . client.java pad abgian ini lah yang membuat script ini akan berjalan pada bagian ini bisa dilihat try { Socket socketClient= new Socket("10.10.10.1", SRV_PORT); os = new ObjectOutputStream (socketClient.getOutputStream()); Staff pegawai = new Staff("hendry","IT",30); os.writeObject(pegawai); System.out.println("Client mengirim data pegawai:"); pegawai.print(); } catch (Exception e) { e.printStackTrace(); } pertama kali penulis menuliskan ip dari server . kemudian penulis memsaukkan nama staff baru yang dimaan akan menuliskan ke dalam variabel pegawai. kemudian dari client ini akna dikirimkan ke pada server uyang dimana kan dicetak pada server server .java server ServerSocket soketServer= new ServerSocket(SRV_PORT); Socket soketClient=soketServer.accept(); is= new ObjectInputStream(soketClient.getInputStream()); Staff pegawai= (Staff) is.readObject(); System.out.println("server menerima data pegawai"); pegawai.print(); } } pada bagian ini server akan mebuat class baru yang diberi nama is kemudian pegawai akan di delarasikan sebagai staff. ketika sudah terbaca maka script akan menammpilkan nya . output : 2. SMTP(D1-7) pada bagian ini penulis memebuat sebuah script yang digunakan untuk mengirimkan email melalui smtp . untuk coding bisa diliat dibawah pada kali ini dapat diliat dari coding diatas semua bermula ketika if (smtpSocket!=null && os!=null && is!=null) ketika hal tersbut dipenuhi maka semua koding yang berada pada try dibawahnya //mengirim dan mencetak pesan System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("HELO\r\n"); System.out.print("HELO\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("MAIL From:any@mail\r\n"); System.out.print("MAIL From:any@maill\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("RCPT To:kusnadi@mail.uajy.ac.id\r\n"); System.out.print("RCPT To: kusnadi@mail.uajy.ac.id\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("DATA\r\n"); System.out.print("DATA\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Subject: testing\r\n"); System.out.print("FROM: any@mail\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Subject: testing\r\n"); System.out.print("Subject: testing\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("Hi, ini percobaan kirim email.\r\n"); System.out.print("Hi, ini percobaan kirim email.\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("\r\n.\r\n"); System.out.print(".\n"); System.out.println(is.readLine()); os.writeBytes("QUIT\r\n"); System.out.print("QUIT\n"); System.out.println(is.readLine()); yang dimana fugsin fungsi diatas diguanakn untuk mengirimkan pesan melalui smtp ini . kemudian akan dikirim melalui email yang telah ditentukan seelumnya . hal ini bisa kita lihat pada smtpSocket= new Socket("mail.uajy.ac.id",25); kemudian ketika semua telah selesai maka semua koneksi ditutup seperti script sebelumnya 3. Simpleclient(D1-6) SimpleClient(D1-6) seperti penulis terangkan sebelumnya pada bagian ini merupakan program ang dijalan kan d komputetr client maka untuk codingnya : pada bagian diatas bagian utama menurut penulis adalah cl = new Socket ((args[0]), REMOTE_PORT); is = new BufferedReader (new InputStreamReader (cl.getInputStream())); os = new DataOutputStream (cl.getOutputStream()); } catch (UnknownHostException e1) { System.out.println ("Unknows Host: " + e1); } catch (IOException e2) { System.out.println ("Erorr io: " + e2); } try { System.out.println ("Masukkan kata kunci: "); userInput = stdin.readLine (); os.writeBytes(userInput + "\n"); } catch (IOException ex) { System.out.println ("Erorr writing to server.." + ex); } pada bagian diatas merupakan salah satu script yang digunakann untuk membuka koneksi . ketika telah dibuka maka program akan meminta masukkan kata kunci dan ketika kunci yang dimasukkan benar maaka akan menampilkan yang dimana akan dianggap sebagai userinput oleh program .. kemudian jika salah maka akan error . kmudian ketika pertama kali tidak melakukan koneksi ke dalam server aplikasi akan menampilkan tulisan unknown host seperti yanh tertera dibatas . untuk output : 4. Simpleservr(D1-5) pada bagian ini serta bagian yang akan saya posting akan mengalami keterkaitan . dalam pengerajann ini kita harusnya memiliki sambungan lan dengan komputer satu lagi . untuk saat ini saya akan mebahasa pada server terlebih dahulu seperti yang dapat kita ketahui bersama pada bagian ini kita harus menunggu reaksi pula pada bagian client hal ini dapt kita liat pada bagian ini String line; BufferedReader is = null; DataOutputStream os = null; Socket clientSocket = null; try { checkServer = new ServerSocket(TESTPORT); System.out.println("Aplikasi Server hidup ..."); } catch (IOException e) { System.out.println(e); kemudain dapat diliat telebih dahulu bagian server dulu lah yang harus diaktifkan baru kemudian pada bagian server . kemudain pada bagian ini dilakukan pengecekaan server yang dimana akan dianggap server socket batu . jika sudah aktif maka akan menghasilkan tulisan aplikasi hidup . kemudian try { clientSocket = checkServer.accept(); is = new BufferedReader(new InputStreamReader (clientSocket.getInputStream())); os = new DataOutputStream(clientSocket.getOutputStream()); } catch (Exception ei) { ei.printStackTrace(); } try { line = is.readLine(); System.out.println("Terima : " + line); if (line.compareTo("Salam")==0) { os.writeBytes("Salam Juga"); } else { os.writeBytes("Maaf, saya tidak mengerti"); } } catch (IOException e) { System.out.println(e); } try { os.close(); is.close(); clientSocket.close(); } catch (IOException ic) { ic.printStackTrace(); } } } pada bagian ini fugsinya diguanakann untuk menghidupkan aplikasi server agar bisa melakukan komunikasi dengan kemudian ketiaka semua telah selesai tentunya semua koneksi itu ditutuup untuk putput dapat diilha gamabr dibawah ini hasil : 5. NsLookUp(D1-4) seperti halnya coding sebelumnya coding kali ini diguanakan untuk mencari sebuah ip namun dengan menggunakan hostname untuk coding bisa dilihat gambar dibawah ini kemudian pada coding diatas dapat kita liat if (args.length == 0) { System.out.println("Pemakaian: java NSLookup "); System.exit(0); } String host = args[0]; InetAddress address = null; pada bagian ini hanya akan menampilkan pemakaian untuk menampilkan saja kemudiana akan mencari inet addreess yang dimana dimulai dengan null try { address = InetAddress.getByName(host); } catch (UnknownHostException e) { System.out.println("Unknown host"); System.exit(0); } byte[] ip = address.getAddress(); for (int i=0; i0) System.out.print("."); } System.out.println(); } ketika i lebih besar dari 0 makaprogram akan mencetak ... namun jika tidak maka akan kosong saja . hasil output

6. IpToName pada bagian ini merupakan salah satu script yang digunakan untuk mencari ama host komputer namun menggunakan ip komputer tersbut untuk ip to namemengetahui scripnya dapat dilihat dibawah in

kemudian untuk penjelasan coding System.out.println ("Pemakaian : java IPtoName "); System.exit (0); } String host = args[0]; InetAddress address = null; try { address = InetAddress.getByName(host); } catch (UnknownHostException e) { System.out.println("invalid IP - malformed IP"); System.exit(0); } System.out.println(address.getHostName()); dapat kita liat pada kumpulan coding diatas pertama kali kita memanggil inetaddressnya terlebih dahulu . kemudian akan dideklarasikan ke dalam variabel address . kemudian dilempar ke catch ketika terdapat kesalahan maka yang akan ditampilkan adalah invalid ip... dan maka system akan keluar(dalam hal ini command prompt) kemudian jika tidak terdapat kesalahan maka akan menampilkkan hostname dari ip yang kita cari output

7. getName( D1-2)

Sama seperti postingan saya yang pertama pada kali ini saya menggunakan java untuk mengetahui nama hostname . pada script kali hal yang utama terdapat pada bagian InetAddress host = null; host = InetAddress.getLocalHost(); System.out.println("nama komputer anda: "+ host.getHostName()); pada bagian tersebut terlihat bahwa untuk mendapatkan hostname kita menggunakan perintah inetadress.getlocalhost . yang dimana setelah mendapatkanIp saya berikan kepada variabel host. kemudian setelah mendapatkannya kita tampilkan namun dengan menggunakan gethostname maka yang ditampilkan adalah host namenya saja untuk tampilannnya

8. GetIP (D1-1)

pada kali ini saya akan membahasabagaimana kita membuat sebuah script untuk mencari ip yang sedang kita pergunakan . untuk pertama kali ketikkan coding sepeerti pada gamabar utama . kemudian lakukan compile pada java seperti biasa : keterangan coding : InetAddress host = null; host = InetAddress.getLocalHost(); byte ip[] = host.getAddress(); for (int i=0; i { if (i>0) { System.out.print ("."); } System.out.print (ip[i] & 0xff); } System.out.println (); } } pada bagian tersebut menerangkan bahwa host dari inet address awal berupa null yang kemudian akan diberikan ip yang berupa byte . kemudian dengan menggunakan looping untuk mendapatkan ip serta ketika sudah mendapatkan akan ditampilkan ipnya namun jika tidak hanya akan menampilkan . saja , hal ini disebabkan perintah if . tampilan output

Komputasi sebetulnya bisa diartikan sebagai cara untuk menemukan pemecahan masalah dari data input dengan menggunakan suatu algoritma. Hal ini ialah apa yang disebut dengan teori komputasi, suatu sub-bidang dari ilmu komputer dan matematika. Selama ribuan tahun, perhitungan dan komputasi umumnya dilakukan dengan menggunakan pena dan kertas, atau kapur dan batu tulis, atau dikerjakan secara mental, kadang-kadang dengan bantuan suatu tabel. Namun sekarang, kebanyakan komputasi telah dilakukan dengan menggunakan komputer.



Secara umum iIlmu komputasi adalah bidang ilmu yang mempunyai perhatian pada penyusunan model matematika dan teknik penyelesaian numerik serta penggunaan komputer untuk menganalisis dan memecahkan masalah-masalah ilmu (sains). Dalam penggunaan praktis, biasanya berupa penerapan simulasi komputer atau berbagai bentuk komputasi lainnya untuk menyelesaikan masalah-masalah dalam berbagai bidang keilmuan, tetapi dalam perkembangannya digunakan juga untuk menemukan prinsip-prinsip baru yang mendasar dalam ilmu.



Sedangkan untuk parallel processing atau pemrosesan paralel adalah penggunaan lebih dari satu CPU untuk menjalankan sebuah program secara simultan. Idealnya, parallel processing membuat program berjalan lebih cepat karena semakin banyak CPU yang digunakan. Tetapi dalam praktek, seringkali sulit membagi program sehingga dapat dieksekusi oleh CPU yang berbea-beda tanpa berkaitan di antaranya.



Jadi dari beberapa penjabaran di atas dapat disimpulkan bahwa paralel prosessing komputasi adalah proses atau pekerjaan komputasi di komputer dengan memakai suatu bahasa pemrograman yang dijalankan secara paralel pada saat bersamaan. Secara umum komputasi paralel diperlukan untuk meningkatkan kecepatan komputasi bila dibandingkan dengan pemakaian komputasi pada komputer tunggal. Penggunaan komputasi parallel prosessing merupakan pilihan yang cukup handal untuk saat ini untuk pengolahan data yang besar dan banyak.



Parallel komputasi adalah melakukan perhitungan komputasi dengan menggunakan 2 atau lebih CPU/Processor dalam suatu komputer yang sama atau komputer yang berbeda dimana dalam hal ini setiap instruksi dibagi kedalam beberapa instruksi kemudian dikirim ke processor yang terlibat komputasi dan dilakukan secara bersamaan. Untuk proses pembagian proses komputasi tersebut dilakukan oleh suatu software yang betugas untuk mengatur komputasi dalam hal makalah ini akan digunakan Message Parsing Interface (MPI).



Berikut ini adalah gambar perbedaan antara komputasi tunggal dengan parallel komputasi :

Komputasi tunggal






Komputasi Parallel



Sumber :

http://mmullyati.110mb.com

http://www.scribd.com/doc/40938360/Makalah-Arkom-Paralel-Processing

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Pembahasan dibidang bioinformatik ini tidak terlepas dari perkembangan biologi molekular modern, salah satunya peningkatan pemahaman manusia dalam bidang genomic yang terdapat dalam molekul DNA.

Kemampuan untuk memahami dan memanipulasi kode genetik DNA ini sangat didukung oleh teknologi informasi melalui perkembangan hardware dan soffware. Baik pihak pabrikan sofware dan harware maupun pihak ketiga dalam produksi perangkat lunak. Salah satu contohnya dapat dilihat pada upaya Celera Genomics, perusahaan bioteknologi Amerika Serikat yang melakukan pembacaan sekuen genom manusia yang secara maksimal memanfaatkan teknologi informasi sehingga bisa melakukan pekerjaannya dalam waktu yang singkat (hanya beberapa tahun).

Perkembangan teknologi DNA rekombinan memainkan peranan penting dalam lahirnya bioinformatika. Teknologi DNA rekombinan memunculkan suatu pengetahuan baru dalam rekayasa genetika organisme yang dikenala bioteknologi. Perkembangan bioteknologi dari bioteknologi tradisional ke bioteknologi modren salah satunya ditandainya dengan kemampuan manusia dalam melakukan analisis DNA organisme, sekuensing DNA dan manipulasi DNA.

Sekuensing DNA satu organisme, misalnya suatu virus memiliki kurang lebih 5.000 nukleotida atau molekul DNA atau sekitar 11 gen, yang telah berhasil dibaca secara menyeluruh pada tahun 1977. Kemudia Sekuen seluruh DNA manusia terdiri dari 3 milyar nukleotida yang menyusun 100.000 gen dapat dipetakan dalam waktu 3 tahun, walaupun semua ini belum terlalu lengkap. Saat ini terdapat milyaran data nukleotida yang tersimpan dalam database DNA, GenBank di AS yang didirikan tahun 1982.

Bioinformatika ialah ilmu yang mempelajari penerapan teknik komputasi untuk mengelola dan menganalisis informasi hayati. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologi, terutama yang terkait dengan penggunaan sekuens DNA dan asam amino. Contoh topik utama bidang ini meliputi pangkalan data untuk mengelola informasi hayati, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan struktur protein atau pun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika pertamakali dikemukakan pada pertengahan 1980an untuk mengacu kepada penerapan ilmu komputer dalam bidang biologi. Meskipun demikian, penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika seperti pembuatan pangkalan data dan pengembangan algoritma untuk analisis sekuens biologi telah dilakukan sejak tahun 1960an.

Kemajuan teknik biologi molekuler dalam mengungkap sekuens biologi protein (sejak awal 1950an) dan asam nukleat (sejak 1960an) mengawali perkembangan pangkalan data dan teknik analisis sekuens biologi. Pangkalan data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960an di Amerika Serikat, sementara pangkalan data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970an di Amerika Serikat dan Jerman pada Laboratorium Biologi Molekuler Eropa (European Molecular Biology Laboratory).

Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang dapat diungkapkan pada 1980an dan 1990an. Hal ini menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, yang meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Perkembangan jaringan internet juga mendukung berkembangnya bioinformatika. Pangkalan data bioinformatika yang terhubungkan melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengumpulkan hasil sekuensing ke dalam pangkalan data tersebut serta memperoleh sekuens biologi sebagai bahan analisis. Selain itu, penyebaran program-program aplikasi bioinformatika melalui internet memudahkan ilmuwan dalam mengakses program-program tersebut dan kemudian memudahkan pengembangannya.

Pangkalan Data sekuens biologi dapat berupa pangkalan data primer untuk menyimpan sekuens primer asam nukleat dan protein, pangkalan data sekunder untuk menyimpan motif sekuens protein, dan pangkalan data struktur untuk menyimpan data struktur protein dan asam nukleat.

Pangkalan data utama untuk sekuens asam nukleat saat ini adalah GenBank (Amerika Serikat), EMBL (the European Molecular Biology Laboratory, Eropa), dan DDBJ (DNA Data Bank of Japan, Jepang). Ketiga pangkalan data tersebut bekerja sama dan bertukar data secara harian untuk menjaga keluasan cakupan masing-masing pangkalan data. Sumber utama data sekuens asam nukleat adalah submisi (pengumpulan) langsung dari peneliti individual, proyek sekuensing genom, dan pendaftaran paten. Selain berisi sekuens asam nukleat, entri dalam pangkalan data sekuens asam nukleat pada umumnya mengandung informasi tentang jenis asam nukleat (DNA atau RNA), nama organisme sumber asam nukleat tersebut, dan segala sesuatu yang berkaitan dengan sekuens asam nukleat tersebut.

Selain asam nukleat, beberapa contoh pangkalan data penting yang menyimpan sekuens primer protein adalah PIR (Protein Information Resource, Amerika Serikat), Swiss-Prot (Eropa), dan TrEMBL (Eropa). Ketiga pangkalan data tersebut telah digabungkan dalam UniProt, yang didanai terutama oleh Amerika Serikat. Entri dalam UniProt mengandung informasi tentang sekuens protein, nama organisme sumber protein, pustaka yang berkaitan, dan komentar yang pada umumnya berisi penjelasan mengenai fungsi protein tersebut.

Perangkat bioinformatika yang berkaitan erat dengan penggunaan pangkalan data sekuens Biologi ialah BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). Penelusuran BLAST (BLAST search) pada pangkalan data sekuens memungkinkan ilmuwan untuk mencari sekuens baik asam nukleat maupun protein yang mirip dengan sekuens tertentu yang dimilikinya. Hal ini berguna misalnya untuk menemukan gen sejenis pada beberapa organisme atau untuk memeriksa keabsahan hasil sekuensing atau untuk memeriksa fungsi gen hasil sekuensing. Algoritma yang mendasari kerja BLAST adalah penyejajaran sekuens.

PDB (Protein Data Bank, Bank Data Protein) ialah pangkalan data tunggal yang menyimpan model struktur tiga dimensi protein dan asam nukleat hasil penentuan eksperimental (dengan kristalografi sinar-X, spektroskopi NMR, dan mikroskopi elektron). PDB menyimpan data struktur sebagai koordinat tiga dimensi yang menggambarkan posisi atom-atom dalam protein atau pun asam nukleat.

Sumber :
http://bioinformatika-q.blogspot.com/

Pengertian Komputer seperti yang di kutip Wikipedia, Komputer adalah alat yang dipakai untuk mengolah data menurut perintah yang telah dirumuskan. Kata komputer semula dipergunakan untuk menggambarkan orang yang perkerjaannya melakukan perhitungan aritmatika, dengan atau tanpa alat bantu, tetapi arti kata ini kemudian dipindahkan kepada mesin itu sendiri. Asal mulanya, pengolahan informasi hampir eksklusif berhubungan dengan masalah aritmatika, tetapi komputer modern dipakai untuk banyak tugas yang tidak berhubungan dengan matematika.

Secara luas, Komputer dapat didefinisikan sebagai suatu peralatan elektronik yang terdiri dari beberapa komponen, yang dapat bekerja sama antara komponen satu dengan yang lain untuk menghasilkan suatu informasi berdasarkan program dan data yang ada. Adapun komponen komputer adalah meliputi : Layar Monitor, CPU, Keyboard, Mouse dan Printer (sbg pelengkap). Tanpa printer komputer tetap dapat melakukan tugasnya sebagai pengolah data, namun sebatas terlihat dilayar monitor belum dalam bentuk print out (kertas).

Dalam definisi seperti itu terdapat alat seperti slide rule, jenis kalkulator mekanik mulai dari abakus dan seterusnya, sampai semua komputer elektronik yang kontemporer. Istilah lebih baik yang cocok untuk arti luas seperti “komputer” adalah “yang memproses informasi” atau “sistem pengolah informasi.”

GENERASI PERTAMA

Komputer generasi pertama masih sangat sederhana dan belum kompleks penggunaanya. Komputer generasi pertama belum dapat memperoses masalah-masalah yang rumit. Ukuran komputer generasi pertama sangat besar dan prosesnya pun masih lambat.

komputer generasi pertama menggunakan tabung vakum (vacuum tube) untuk memproses dan menyimpan data. Tabung vakum berukuran seperti lampu kecil. Tabung vakum cepat panas dan mudah terbakar. Ribuan tabung vakum diperlukan untuk mengoperasi komputer generasi pertama. Komputer generasi pertama murni peralatan elektronik yang berfungsi untuk membantu ilmuwan menyelesaikan masalah perhitungan matematika secaracepat dan tepat. Ukurannya yang besar mirip komputer induk atau komputer utama. Contoh komputer generasi pertama adalah ENIAC (Electronic Numerical Integrator And Calculator) yang dibuat oleh Dr John Mauchly dan Presper Eckert tahun 1946.




GENERASI KEDUA

Komputer generasi kedua menggunakan transistor dan dioda untuk menggantikan tabung vakum walaupun keduanya juga mudah terbakar. Pada komputer generasi kedua, diperkenalkan cara baru untuk menyimpan data, yaitu dengan penyimpanan secara magnetik. Penyimpanan secara magnetik menggunakan besi-besi lunak yang dililit oleh kawat. Kecepatan proses komputer generasi kedua lebih cepat dibandingkan generasi pertama. Awalnya, komputer generasi kedua menggunakan bahasa program tingkat tinggi, seperti Foltran (1954) dan COBOL (1959). Kedua bahasa program itu menggantikan bahasa mesin. Pada generasi in, ukuran komputer lebih kecil. Komputer generasi ini digunakan untuk proses data di bidang perniagaan, universitas, dan militer. Contoh komputer pada generasi kedua adalah DEC PDP-8, IBM 700, dan IBM 7094.



GENERASI KETIGA

Komputer generasi ketiga dibuat dengan menggabungkan beberapa komponen di dalam satu tempat. tampilan dari komputer juga disempurnakan. Selain itu, komputer generasi ketiga penyimpana memorinya lebih besar dan diletakkan diluar (eksternal). Penggunaan listriknya lebih hemat dibandingkan komputer generasi sebelumnya. Ukuran fisiknya menjadi lebih kecil sehingga lebih menghemat ruang. komputer generasi ketiga juga mulai menggunakan komponen IC atau disebut chip. Dapat digunakan untuk multiprogram. Contoh komputer generasi ketiga adalah Apple II, PC, dan NEC PC.




GENERASI KEEMPAT

Komputer generasi keempat masih menggunakan IC/chip untuk pengolahan dan penyimpanan data. Komputer generasi ini lebih maju karena di dalamnya terdapat beratus ribu komponen transistor. Proses pembuatan IC komputer generasi ini dinamakan pengintegrasian dalam skala yang sangat besar. Pengolahan data dapat dilakukan dengan lebih cepat atau dalam waktu yang singkat. Media penyimpanan komputer generasi ini lebih besar dibanding generasi sebelumnya. Komputer generasi ini sering disebut komputer mikro. Contohnya adalah PC (Personal Computer). Teknologi IC komputer generasi ini yang membedakan antara komputer mikro dan komputer mini serta main frame. Beberapa teknologi IC pada generasi ini adalah Prosesor 6086, 80286, 80386, 80486, Pentium I, Celeron, Pentium II, Pentium III, Pentium IV, Dual Core, dan Core to Duo. Generasi ini juga mewujudkan satu kelas komputer yang disebut komputer super.




GENERASI KELIMA

Komputer generasi kelima memang belum terwujud karena komputer generasi ini merupakan komputer impian masa depan. Pembuatan bentuk komputer generasi kelima tentunya akan lebih kompleks. KOmputer generasi kelima ini diperkirakan mempunyai lebih banyak unit pengolahan yang bekerja secara serentak untuk menyelesaikan lebih dari satu masalah dalam waktu bersamaan. Komputer generasi ini juga mempunyai memori yang besar. Komputer impian ini diperkirakan akan mempunyai kepandaian tersendiri atau dapat membuat keputusan sendiri. Sifat luar biasa komputer ini disebut sebagai kecerdasan buatan.








referensi :
http://aldimaulana58.wordpress.com/2011/11/10/perkembangan-komputer-dari-generasi-pertama-sampai-sekarang/
http://duniabaca.com/pengertian-komputer-dan-sejarah-komputer.html